Vào tháng 9 năm 2006, Joanne Cassar, một phụ nữ chuyển giới, đã bị từ chối quyền kết hôn với bạn đời của mình. Năm 2007, một thẩm phán ở Malta đã ra lệnh cho các quan chức chính phủ cấp cho cô tài liệu phù hợp.[85] Giám đốc Cơ quan Đăng ký Công cộng đã tranh luận thành công phán quyết đó vào tháng 5 năm 2008. Cassar đã nộp đơn đăng ký hiến pháp tại Hội trường Đầu tiên của Tòa án Dân sự buộc tội vi phạm các quyền cơ bản của con người. Cô đã thắng vụ đó ban đầu, nhưng đã thua trong kháng cáo năm 2011.[86] Vào tháng 4 năm 2013, cô đã đạt được một thỏa thuận với Chính phủ bao gồm bồi thường tài chính bên cạnh những thay đổi theo luật định đã hứa.[87] Một nhà lãnh đạo của Đảng Quốc gia đã xin lỗi vì đã tham gia tranh giành quyền kết hôn của Cassar.[88]

Vào tháng 4 năm 2014, Malta đã trở thành quốc gia châu Âu đầu tiên thêm bản dạng giới vào Hiến pháp của mình như là một danh mục được bảo vệ.[89]

Người nộp đơn có thể thay đổi tài liệu nhận dạng giới tính của mình bằng cách nộp đơn yêu cầu công chứng viên, loại bỏ mọi yêu cầu đối với các thủ tục xác định lại giới tính y tế theo Nhận dạng giới tính, biểu hiện giới tính và đặc điểm giới tính (tiếng Malta: Att dwar l'Identità tal-Ġeneru, l'Espressjoni tal-Ġeneru u l'Karatteristiċi tas-Sess).[11][90][91] Vào tháng 12 năm 2016, Đạo luật đã được sửa đổi để cho phép trẻ vị thành niên từ mười sáu tuổi trở lên được thay đổi giới tính mà không cần phải nộp đơn và nộp đơn tại tòa án và sự chấp thuận của phụ huynh.[92] Vào tháng 11 năm 2015, Bộ trưởng Bộ Nội vụ đã thông báo rằng 40 người đã thay đổi hợp pháp giới tính của họ kể từ khi ban hành luật nêu trên.[93]

Chuyển đổi giới tính và liệu pháp hormone không miễn phí và không phải lúc nào cũng dễ dàng có sẵn.[94][95]